广州市临床医学研究所始建于1986年，现位于广州市第一人民医院院内，占地面积超过2000平方米，现有设备总价值3000多万元。
现拥有广东省重点实验室——临床分子医学及分子诊断实验室，消化病学、血液病学、胃肠病学3个广州市重点建设实验室，以及生理生化实验室（含膜片钳室）、病理实验室、免疫实验室、流式细胞室、外科动物手术室、器官移植实验室、细胞培养室、动物观察室、动物饲养室、消化实验室和心血管实验室等多个临床学科实验平台。
研究所现所长由广州市第一人民医院著名心胸外科专家黄达德教授担任，副所长由著名消化内科专家李瑜元教授担任。
研究所内约有90名研究人员进行科研工作，其中博士生导师19名，硕士导师64名。研究所近年来不断地发展和壮大，近5年共获广东省科技进步奖二等奖3项、三等奖10项；广州市科技进步奖一等奖1项，二等奖4项，三等奖5项。发表SCI论文62篇，主编专著13部。获得国家自然科学基金25项，各级省市级科研立项750余项，共获得科研经费金4000万元。共培养博士13名，硕士178名，获得南粤优秀研究生称号者17名。
